L'Antico Santuario è anche sito archeologico tutelato dalle Belle Arti che ne ha curato il restauro nel 1993-94. Esso è stato portato alla luce quando nel 1974 i Padri Rogazionisti l'acquistarono. Essi attraverso gli scavi riscoprirono il valore storico e religioso del luogo denominato "S. Maria in Crypta" ripristinandone il culto e il valore delle tracce come il pavimento musivo, due tombe, tre affreschi e il cunicolo di S. Corrado.
Le tracce presenti nella chiesa rupestre sono riconducibili alla presenza dei monaci benedettini presenti fino al 1303, e di S. Corrado Bavaro, eremita cistercense (1105-1127) che visse per due anni in solitudine presso la grotta e fu ivi sepolto fino agli inizi del 1300. Ora i religiosi fondati da S. Annibale Maria di Francia (Messina 1851-1927) curano pastoralmente il Santuario e promuovono il culto mariano e la Preghiera per le Vocazioni.